Государственное учреждение «Белорусское управление государственного ветеринарного надзора на государственной границе и транспорте»  создано в соответствии с Гражданским кодексом Республики Беларусь на основании приказа Министерства сельского хозяйства и продовольствия Республики Беларусь от 25 ноября 2003 г. № 322.

Учреждение является правопреемником Белорусского управления государственного ветеринарного надзора на государственной границе и транспорте, образованного на основании постановления Совета Министров Республики Беларусь от 3 марта 1992 г. № 115 и приказа Министерства сельского хозяйства и продовольствия Республики Беларусь от 25 марта 1992 года № 46.

Учредителем Учреждения является Министерство  сельского хозяйства и продовольствия Республики Беларусь.

Организовывает и контролирует деятельность Учреждения Департамент ветеринарного и продовольственного надзора Министерства сельского хозяйства и продовольствия Республики Беларусь.